由于氟化物不是废水中唯一要被除去的污染物，因此要根据实际情况选择合适的处理方法。例如含氟废水中溶有碳酸钠、重碳酸钠时，直接投加石灰或氯化钙，除氟效果会降低。这是因为废水中存在着一定量的强电解质，产生盐效应，增加了氟化钙的溶解度，降低除氟效果。其有效的处理方法是先用无机酸将废水PH调到6-8之间，再与氯化钙等反应就可有效地除去氟离子。废水中含有磷酸根离子，则先用石灰处理至pH大于7，再将沉淀物分离出来。对于成分复杂的含氟废水，可用加酸反调pH法，即首先在废水中加入过量的石灰，使 pH=11，当钙离子不足时补加氯化钙，搅拌20 min，然后加盐酸使废水PH反调到7.5-8，搅拌20 min，加入絮凝剂，搅拌后放置 30 min，然后底部排泥，上清液排放。

但要注意反应后形成的CaF2较难沉淀，如果只做一级沉淀很难达到国家排放标准，因此通常采用二级反应+二级沉淀去除废水中的氟离子，活性炭吸附作为保障措施。